Les ouvrages et périodiques
Le patrimoine industriel et ethnologique de la Franche-Comté, l'histoire des techniques, les savoir-faire traditionnels, mais aussi la muséographie, l'action culturelle et éducative, la médiation, la conservation préventive, etc. Le centre de documentation met à la disposition du public un ensemble d'ouvrages et périodiques de référence relatifs aux thèmes évoqués dans les sites du réseau.

Les lois, textes législatifs et réglementaires, fiches et notes pratiques
Le centre conserve également les textes de référence (loi relative aux Musées de France, code de déontologie de l'ICOM pour les musées, code du patrimoine, procédures de protection au titre des Monuments Historiques, procédure des zones de protection du patrimoine architectural, urbanistique et paysager, etc.) ainsi que nombreuses autres données techniques telles que : les fiches pratiques éditées par le Ministère de la culture et de la communication, et les « muséofiches » de la Direction des Musées de France, les notes de l'Institut Canadien de Conservation (ICC), etc.

La photothèque
Entre numérisation des collections et campagnes photographiques thématiques, l'association a constitué au fil des années un fonds iconographique de plus de 2300 clichés. Ce fonds est désormais entièrement numérisé et consultable sur simple demande.